Наукова діяльність Поліського університету спрямована на проведення фундаментальних і прикладних досліджень у галузі аграрних наук та ветеринарної медицини, соціальних, технічних, математичних і природничих наук; структурована та координується на рівні науково-інноваційних інститутів:
1) Науково-інноваційний інститут тваринництва та ветеринарної медицини – координує наукову діяльність, яка ведеться науково-педагогічними працівниками кафедр біоресурсів, тваринництва та аквакультури, внутрішньої патології та морфології, ветеринарної епідеміології (кількість дослідників – 30). Сфери наукової експертизи:
Положення_про_НІІ_тваринництва_та_ветеринарії
2) Науково-інноваційний інститут екології та лісу забезпечує організацію та підтримку наукової діяльності дослідників з кафедр лісового та садово-паркового господарства, екології (кількість дослідників – 25). Сфери наукової експертизи:
Положення_про_НІІ_екології_та_лісу
3) Науково-інноваційний інститут агротехнологій та землеустрою сприяє веденню консолідованих наукових досліджень науково-педагогічних працівників кафедр здоров’я фітоценозів і трофології, технологій у рослинництві, ґрунтознавства та землеробства, геодезії та землеустрою (кількість дослідників – 36). Сфери наукової експертизи:
Положення_про_НІІ_агротехнологій_та_землеустрою
4) Інститут менеджменту, бізнесу та права інтегрує науковий потенціал дослідників кафедр економіки та підприємництва, менеджменту та маркетингу, міжнародних економічних відносин, економічної теорії, інтелектуальної власності та публічного управління, права, комп’ютерних технологій та моделювання систем та ін. (кількість дослідників – 80). Сфери наукової експертизи:
Положення про НІІ менеджменту, бізнесу та права
5) Науково-інноваційний інститут інженерії агропромислового виробництва та енергоефективності здійснює координацію дослідницької та наукової роботи представників кафедр механічної інженерії та технології машинобудування, агроінженерії та технічного сервісу, електрифікації, автоматизації виробництва та інженерної екології (кількість дослідників – 35). Сфери наукової експертизи: